Lisa Wagner wurde 1979 in Kaiserslautern geboren. Nach dem Abitur absolvierte sie von 1999 bis 2003 ein Schauspielstudium an der Bayerischen Theaterakademie August Everding in München. Bereits Anfang des zweiten Jahres ihrer Ausbildung wurde sie als jüngstes Mitglied an das Bayerische Staatsschauspiel München engagiert, zu dessen festem Ensemble sie bis 2011 gehörte.
Lisa Wagner feierte 2006 in Ralf Westhoffs Speed-Dating-Komödie "Shoppen" ihr Kinodebüt. Es folgte unter anderem der Tatort "Nie wieder frei sein" aus München (Regie: Christian Zübert) für den sie u.a. den Grimme Preis und den Bayerischen Fernsehpreis erhielt. 2013 war sie Teil des Ensembles in der beliebten Serie „Weissensee“. Viel Aufmerksamkeit und Anerkennung erhielt Lisa Wagner 2017 für ihre eindringliche Darstellung von Beate Zschäpe in „Letzte Ausfahrt Gera“. In 2019 drehte sie dann für den Kinofilm „Das Glaszimmer“ (Regie: Christian Lerch) sowie für die BR/ORF-Produktion „Ein schönes Schlamassel“ in der Regie von Wolfgang Murnberger.
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In 2021 folgten die Kinoproduktion „Freibad“ (Regie: Doris Dörrie) sowie die gefeierte Sky Mini-Serie „Die Wespe“ (Regie: Hermine Huntgeburth).
2023 kehrt sie mit dem Stück „James Brown trug Lockenwickler“ von Yasmina Reza unter der Regie von Philipp Stölzl ans Residenztheater zurück. 2024 ist Lisa Wagner außerdem als Gast am Wiener Burgtheater unter der Regie von Martin Kusej für die Rolle der "Lady" in ORPHEUS STEIGT HERAB von Tennessee Williams zu sehen und feierte mit IN LIEBE, EURE HILDE (Regie: Andreas Dresen, Drehbuch: Laila Stieler) Premiere im Wettbewerb der 74. Internationalen Filmfestspiele Berlin.